يماني برآمد كه در همين راستا با ارائه طرحهايى نو در مسائل اساسى حكمت از قبيل وحدت حمل ، تحليل بداء ، معقول ثاني بودن جواهر واعراض ، حدوث وتقدّم دهري ، تحليل اعتبارات چهارگانه ماهيت ، تقسيم سه‌گانهء حادث زماني ، تقسيم هفتگانهء تقدّم وتأخّر ، تقسيم دوگانهء جنس أقصى « 1 » - وغيره - گامهاى مهمّى برداشت ، ولى دو عامل تعقيد لفظي گفتار وسخت‌نويسى تدوين آرائش ، أساس فكرى وى را به فراموشى سپرد . در اين بين شاگردان وى نيز در امتداد كوشش وى گامهاى بلندى برداشته وبالآخرة صدر الدين محمّد شيرازي با تأسيس بناى حكمت متعاليه گوى سبقت را در ميدان حكمت يماني از همگنان ربود ، كه در اينجا نكته جالب توجّه عدم التفات هم اقران أو به افكارش است ، كه بالآخرة روش فكرى فلسفي أو با گذشت بيش از يك قرن ، توسّط حكيم عارف آقا محمّد بيدآبادى أحيا گشت ، وبا بيش از نيم قرن پشتكار حكيم بلند آوازه ملّا على نوري مدارج كمال خود را بر ديگر مكاتب فلاسفه اسلامى جلوه‌گر ساخت ، آن چنان كه پس از وى ، شالودهء فلسفي تفكّرى شيعه فقط در آراء حكمت متعاليه خلاصه گشت ، وستارهء تمام حوزه‌ها وروشهاى فلسفي متقدّم رو به أفول نهاد . « 2 »

--> ( 1 ) - نيز بنگريد : اجازهء اوّل ميرداماد به علوي عاملي . ( 2 ) - قبل از زمان ميرداماد شخصي كه به فلسفه مىپرداخت ، از كتب شيخ الرئيس همچون شفاء وإشارات ونجات وشرح خواجة بهره مىجست ، ويا به شرح هدايه ميبدى وشروح حكمة العين كاتبى مىپرداخت ، پس از دورهء خواجة چنين رسم شده بود كه بيشتر به جاى فلسفه ، كلام مىخواندند . ودرست در همين عصر بود كه دو دايرة المعارف كلام اسلامى پا بوجود نهادند ، يكى شرح مقاصد تفتازانى ، ديگرى شرح مواقف مير سيّد شريف جرجانى . أهل تسنن بيشتر دنبال شرح عقايد عضديه ونسفيه مىرفتند ، وشيعه بيشتر دنبال تجريد ، لكن در همين أوان كتب عرفانى جاى خود را به كتب فلسفي داده بوده ودر محافل حكمي قونيه وإيران فصوص الحكم ، مفاتيح الغيب ، قواعد التوحيد مورد بررسى قرار مىگرفت ، لذا أكثر شروح فصوص نيز در همين دوران سرد كلامي نگاشته شد ، ودر واقع كلام وعرفان يكه‌تاز علوم عقلي شده بودند . ودرست در همين گيرودارهاى كلامي بود كه آثار منطقي تحقيقى به ميدان آمدند - كه مىتوان از شرح مطالع الأنوار وحواشي آن وجوهر النضيد وغيره نام برد - در هر حال پس از ميرداماد علاوة بر كتب شيخ الرئيس ، كتابهاى ميرداماد نيز مورد بررسى قرار گرفت ، آن چنان كه بر تقويم الايمان أو چهار شرح وبر قبسات أو دو شرح نگاشته شد ، اين نهضت وروش تحصيلي تا زمان آقا محمّد بيدآبادى نيز ادامه داشت ، تا اينكه حكيم الهى ، قطب الدّين محمّد نيريزى به تدريس فتوحات همّت‌گماشت وبعد از آقا محمّد ، ملّا على نوري ، كتب صدرا را بطور رسمي درسى ساخت ، وى براي مبتديان مشاعر وعرشيه - وغيره - وبراي سطح متوسّط الشواهد الربوبية ومبدأ ومعاد ، وبراي سطح عالي أسفار را درس مىگفت ، وتا حوزه درسى حكيم سبزوارى وحتّى در حوزهء أو همين شيوه اعمال مىشد كه پس از مدتي شرح غرر الفرائد سبزوارى جانشين كتب سطح ابتدايى ومتوسّط شد . وپس از كتاب عظيم الشأن منظومه ، متجاوز از سى شرح وحاشية بر آن نگاشته شد .